Photon Chatのメッセージについて

＞メッセージはどうやってカウンティングされますか？

リミッターがカウントするのはクライアントが送信したメッセージだけです。
なので、多くのユーザーへ1つのメッセージを送信することについて問題はありません。
コンテンツ（1文字列、バイナリ、その他）にかかわらず各「送信」がメッセージとなります。
ただ、(On Join)履歴の取得（Get history）は100メッセージに制限されます。

例：1000人/チャンネルにいて、1人がメッセージを送信した場合、1メッセージ。
1000人が同時にメッセージを送った際は最後の100メッセージが履歴に残っている。
1000個のメッセージを全部記録する場合はWebhookを利用し、外部サービスで保存する事は可能。